بخشی از دلایل افراد محلی برای انجام این رسم، اجتناب از بیقاعدگی در امور جنسی و تضمین باکرگی زن است. برخی از نظریات علمی، بریدن دستگاه تناسلی زنان را خاسته از سرکوب زنان توسط پدرسالاری میدانند. به عنوان مثال نوال سعداوی نظریه زیر را ارائه کردهاست: در جوامعی که اجداد را از طریق جنس مذکر دنبال میکنند روی پاکدامنی زن تأکید میشود زیرا مردان میخواهند مطمئن باشند که ارث و اموال مرد به فرزندان خودشان میرسد (و نه فرزندان دیگران). همانگونه که طبقه حاکم ارزشهای اخلاقیای را در جامعه ترویج میکند که کارگران ترک لذات کنند، در حالی که خودشان زیادهروی در لذات را برای خودشان ارزش میدانند، مردان طبقه حاکم بر زنان هستند که عدم لذتبردن جنسی را بر زنان تحمیل کردهاند در حالی که برای خودشان آزادی و لذت جنسی وسیعی خواستار هستند. طبق بیانیه ?? آژانس سازمان ملل متحد، ختنه زنان وجود حقوق نابرابر بین زن و مرد را نشان میدهد که ریشه در عرفهای اجتماعی، اقتصادی و سیاسی دارد. این رسم با هدف نگاه داشتن عفاف یک دختر و کنترل غریزه جنسی انجام میشود و نقش جنسیتی اشتباهی را به زن تحمیل میکند.
کارول ماکورماک معتقد است سرکوب کردن زنان توسط مردان توضیح جامعی برای وجود برش دستگاه تناسلی زنان نمیباشد: در غرب آفریقا جوامعی هستند که برش کلیتوریس را انجام میدهند ولی آزادی بسیار قابل ملاحظهای را به دختران قبل از ازدواج میدهند. بهعلاوه مطالعاتی نشان میدهد که درد ناشی از برش دستگاه تناسلی زنان ممکن است باعث ایجاد حس همبستگی بین زنان شده و این به نوبه خود باعث افزایش قدرت سیاسی و کنترل کردن داراییها توسط آنها بشود. در میان ساکنان بومی استرالیا و ملانزی تبارها مراسم برش دستگاه جنسی مردان بسیار شدیدتر و دردناکتر از مراسم مربوط به زنان است، و این موضوع معمولاً در مورد جوامعی صادق است که اجداد را از طریق جنس مذکر دنبال میکنند و مردان در آن غالب هستند.
برخی نظریات آن را نشانهای بدنی دیده که علامتی از ورود دختر به گروه بالغان میباشد. در سواحل شربرو در سیرالئون زنان معتقدند که یک دختر بدون انجام ختنه از نظر بدنی ممکن است زن شود، ولی از نظر اجتماعی دختر باقی میماند. بریدن کلیتوریس زن را به شکل غیر مبهمی، به شکل خالص و تمیزی، در گروه زنان قرار میدهد. ختنه چیزی دیده میشود که دختر را تمیز و خالص میکند. درد بریدن کلیتوریس استعارهای از درد زاییدن است؛ در سیرالئون کسی که زاییدهاست و کسی که ختنه شده یک جایگاه دارند؛ محل انجام دو عمل یک جا است و به صورت ایدهآل توسط یک قابله انجام میشود. زنانگی بصورت نمادین هنگام ختنه بدست آمده، و هنگام زاییدن تأیید میشود. همچنین زنانی که ختنه شدهاند، خود گروه سرّیای تشکیل میدهند که دختران پس از ختنه شدن به آن وارد میشوند.
نور قسّامعلی در پاسخ به مناسک گذر بودن این عمل میپذیرند که ممکن است در برخی جوامع آفریقا اینگونه باشد: مثلا گیکویو (در کنیا) که این عمل در هنگام بلوغ انجام میدهند و یا ماسایها هنگام ازدواج. ولی این دلیل را در مورد جوامعی مانند نیجریه، سودان، مصر یا اتیوپی که کودکان در سه یا چهار سالگی ختنه میشوند را مشکوک مییابد. نور قسّامعلی همچنین به این نکته اشاره میکند که یوروبا در کشور نیجریه و مسیها در بورکینافاسو متعقدند که اگر سر نوزاد به کلیتوریس بریده نشده بخورد، ممکن است باعث مرگ نوزاد بشود و به همین دلیل در شش ماهگی بارداری زن را تحت برش دستگاه تناسلی قرار میدهند